Hưng Trạch nằm tiếp giáp các xã Cự Nẫm ở phía Đông Bắc, xã Liên Trạch ở phía Bắc, xã Phúc Trạch ở phía Tây Bắc, thị trấn Phong Nha ở phía Tây Nam, xã Tân Trạch ở phía Nam, xã Phú Định ở phía Đông Nam. Phía bắc Hưng Trạch có con sông Son (nhánh của sông Gianh) từ hướng Tây (động Phong Nha xã Sơn Trạch) chảy qua. Đường Hồ Chí Minh cũng chạy qua phần bắc của xã.